小儿热带巨脾综合征治疗以抗疟药物为主，如伴有脾功能亢进时需进行脾切除手术。
药物治疗。
1.氯喹敏感疟疾的治疗：儿童患者可使用总剂量为25mg/kg氯喹基质（氯喹每片0.25g，含基质0.15g，以下同），即第1、2天各服10mg/kg，每日1次，服用2天，第3天服用5mg/kg。不良反应有恶心、呕吐、头晕等。
2.耐氯喹恶性疟的治疗：儿童患者可服用青蒿素合剂。复方双氢青蒿素片（科泰复），每片含双氢青蒿素40mg及磷酸哌喹320mg
3.重症疟疾的治疗：在确诊为重症疟疾患者后，应立即进行抗疟治疗，常用的药物为青蒿素制剂，必要时进行静脉内注射。
手术治疗。
如伴有脾功能亢进时需进行脾切除手术。
药物治疗。
1.氯喹敏感疟疾的治疗：儿童患者可使用总剂量为25mg/kg氯喹基质（氯喹每片0.25g，含基质0.15g，以下同），即第1、2天各服10mg/kg，每日1次，服用2天，第3天服用5mg/kg。不良反应有恶心、呕吐、头晕等。
2.耐氯喹恶性疟的治疗：儿童患者可服用青蒿素合剂。复方双氢青蒿素片（科泰复），每片含双氢青蒿素40mg及磷酸哌喹320mg
3.重症疟疾的治疗：在确诊为重症疟疾患者后，应立即进行抗疟治疗，常用的药物为青蒿素制剂，必要时进行静脉内注射。
手术治疗。
如伴有脾功能亢进时需进行脾切除手术。