《意见》提出，要准确把握法律政策界限，增强民营企业家信心和财富安全感。对民营企业在经营活动中违反国家规定，给予各种名义的“回扣”“好处费”，涉嫌行贿犯罪的，要从起因、目的、行贿数额、次数、时间、对象、谋利性质及用途等方面综合考虑其社会危害性。要严格适用非法经营罪，对民营企业的经营行为，法律和司法解释没有作出明确禁止性规定的，不得以非法经营罪追究刑事责任，特别是要严格把握认定标准，坚决防止以未经批准登记代替违反国家规定的认定。要准确把握产权纠纷与恶意侵占国有资产犯罪的界限，对于民营企业依据法律、行政法规参与国有企业重组改制产生的民事纠纷，不应当以犯罪处理。
《意见》规定，对涉嫌犯罪的民营企业负责人，要严格审查是否符合法律规定的逮捕、起诉条件，严把事实关、证据关、程序关和法律适用关，防止“构罪即捕”“入罪即诉”。对有自首、立功表现，认罪态度好，没有妨碍侦查行为的民营企业负责人，除法律另有规定外，一般不批准逮捕;对符合取保候审、监视居住条件，不羁押不致发生社会危险性的民营企业负责人，可以不批准逮捕。已经批准逮捕的，应当依法履行羁押必要性审查职责，对不需要继续羁押的，应当及时建议公安机关予以释放或者变更强制措施。涉案民营企业负责人没有犯罪事实，或者具有其他法律规定的免予追究刑事责任情形的，应当作出不起诉决定。经审查认定案件构成犯罪，但犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。涉案民营企业负责人自愿如实供述涉嫌犯罪的事实，有重大立功或者案件涉及国家重大利益的，可以报请最高人民检察院核准，作出不起诉决定。
《意见》还要求严格规范涉案财产处置，依法维护涉案民营企业和人员的合法财产权益。规定：对不涉案的款物、账户、企业生产经营资料等，一律不得查封、扣押、冻结。需要查封、扣押、冻结财产的，应当做到严格区分违法所得、其他涉案财产与合法财产，严格区分民营企业法人财产与个人财产，严格区分涉案民营企业负责人个人财产与家庭成员财产，不得超权限、超范围、超数额、超时限查封、扣押、冻结，并注意保护民营企业利害关系人的合法权益。
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《意见》规定，对涉嫌犯罪的民营企业负责人，要严格审查是否符合法律规定的逮捕、起诉条件，严把事实关、证据关、程序关和法律适用关，防止“构罪即捕”“入罪即诉”。对有自首、立功表现，认罪态度好，没有妨碍侦查行为的民营企业负责人，除法律另有规定外，一般不批准逮捕;对符合取保候审、监视居住条件，不羁押不致发生社会危险性的民营企业负责人，可以不批准逮捕。已经批准逮捕的，应当依法履行羁押必要性审查职责，对不需要继续羁押的，应当及时建议公安机关予以释放或者变更强制措施。涉案民营企业负责人没有犯罪事实，或者具有其他法律规定的免予追究刑事责任情形的，应当作出不起诉决定。经审查认定案件构成犯罪，但犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以作出不起诉决定。涉案民营企业负责人自愿如实供述涉嫌犯罪的事实，有重大立功或者案件涉及国家重大利益的，可以报请最高人民检察院核准，作出不起诉决定。
《意见》还要求严格规范涉案财产处置，依法维护涉案民营企业和人员的合法财产权益。规定：对不涉案的款物、账户、企业生产经营资料等，一律不得查封、扣押、冻结。需要查封、扣押、冻结财产的，应当做到严格区分违法所得、其他涉案财产与合法财产，严格区分民营企业法人财产与个人财产，严格区分涉案民营企业负责人个人财产与家庭成员财产，不得超权限、超范围、超数额、超时限查封、扣押、冻结，并注意保护民营企业利害关系人的合法权益。
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