大蒜通常保存在油中以生产调味油；然而，这种做法需要采取措施防止大蒜变质，其中可能包括肉毒杆菌的酸败和生长。用温和的醋溶液进行酸化可以最大限度地减少细菌生长。冷藏并不能保证油中大蒜的安全性，需要在一个月内使用，以免细菌变质。大蒜也在低温下干燥，以保持酶活性并作为大蒜颗粒出售和保存，并且可以再水化以重新激活它。
储存的大蒜会受到被称为“蓝霉”（在某些地方称为“绿霉”）的青霉腐烂的影响，尤其是在高湿度下。感染可能首先表现为柔软或浸水的斑点，随后出现白色斑块（菌丝体），随着孢子形成而变成蓝色或绿色。由于孢子形成和发芽在低温和-4度时延迟。c被完全抑制，在冷藏丁香中，人们可能只在早期阶段看到白色菌丝体。陆地青霉和青霉是蓝霉菌中鉴定的两种主要物种。
大蒜在保鲜库贮藏参考指标：
贮藏温度：-3~-2℃，相对湿度：70%~75%，贮藏寿命：8~10个月。
大蒜储存方法：
1.低温贮藏：贮藏前应将蒜头晾干，如果未晾干，蒜头会因湿度过高而导致腐烂。大蒜一般应贮藏在冷柜温度0.6—o°c，空气相对湿度65%—70%，通风、干燥、无烟火的菜窖或房子里。此法可贮藏6—7个月。
2.高温贮藏：大蒜经历—个低温休眠阶段后，在5—18℃下会迅速发芽。将采收后的大蒜一直放在30—34℃高温环境中贮藏，可保鲜一年以上。此外，在相对湿度40%—50%的条件下，也可抑制蒜头的呼吸代谢，延迟发芽。低氧和高二氧化碳同样可抑制蒜头的呼吸和发芽。
留种大蒜宜采取高温贮藏，以温度为15℃左右、相对湿度不超过70%的条件为宜，这样有利于提高种性。如果冬季能确保温度稳定在-1— 3℃，在播前40天左右改为18-20℃高温处理，也能收到同样的保鲜效果。
3.串挂贮藏：采收时将大蒜植株连根拔起，剔除过大、过小、腐烂或机械损伤和雨淋受潮的蒜头，再用刀沿鳞茎底盘将根须及夹带的一部分茎盘削去，只留下10—15cm假茎，注意削平茎盘。经暴晒或人工干燥后，将蒜头假茎用镀锌铁丝串起来，悬挂在房屋前后的屋檐下，或先将大蒜每8—10只扎成——把，再一排排串挂在屋檐下的铁丝或尼龙绳上自然风干。夏秋季可悬挂在临时凉棚、冷凉室内或通风贮藏库内；冬季更好移入通风贮藏库内，避免受潮受冻。