1、生物性污染：包括微生物、寄生虫、昆虫及病毒的污染。食品的细菌污染细菌的污染包括细菌总数、大肠菌群、致病菌。
2、化学性污染：食品化学性污染涉及范围较广，主要包括来自生产、生活和环境中的污染物，如农药、兽药、多环芳烃化合物、亚硝基化合物、杂环胺、三氯丙醇污染等；滥用食品添加剂；在食品加工、贮存过程中产生的有害物质，如酒中有害醇、醛等；或是掺假、制假过程中加入的物质污染。
3、物理性污染：主要来源于复杂的多种非化学性的杂物，来自食品产、储、运、销的污染物，如粮食收割时混入的草籽、液体食品容器池中的杂物、食品运销过程中的灰尘及苍蝇等；食品的放射性污染，如放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染。