孝庄皇后不与丈夫皇太极葬在一起主要说法如下：
1、按照皇家的规矩，皇上驾崩了，皇后要跟皇帝的皇陵安葬，入关以后，受汉族文化影响，改变了规矩。比皇上先走一步的妃子，安葬皇陵时，门不许封上，必须等着皇上。但是死在皇上后面的妃子，皇陵已经封上，不能打开。这是对皇帝的大不敬，只能安葬在别的黄陵里面，这规矩是孝庄皇后定的。
2、孝庄皇后下嫁给多尔衮，已不是皇太极的皇后了，没有资格入葬昭陵，也无颜与皇太极合葬。
3、清朝初期实行火葬，到孝庄晚年的时火葬已经废除，如果孝庄要葬入太宗陵墓就要火葬，孝庄皇后不愿意，所以就葬在关内。
4、皇太极在世，孝庄仅是妃子，并不是皇后。皇太极的皇后是孝端文皇后，是皇太极的原配夫人。
5、孝庄皇后生前就为自己葬地之事早就留下了遗嘱，太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。康熙帝遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。
1、按照皇家的规矩，皇上驾崩了，皇后要跟皇帝的皇陵安葬，入关以后，受汉族文化影响，改变了规矩。比皇上先走一步的妃子，安葬皇陵时，门不许封上，必须等着皇上。但是死在皇上后面的妃子，皇陵已经封上，不能打开。这是对皇帝的大不敬，只能安葬在别的黄陵里面，这规矩是孝庄皇后定的。
2、孝庄皇后下嫁给多尔衮，已不是皇太极的皇后了，没有资格入葬昭陵，也无颜与皇太极合葬。
3、清朝初期实行火葬，到孝庄晚年的时火葬已经废除，如果孝庄要葬入太宗陵墓就要火葬，孝庄皇后不愿意，所以就葬在关内。
4、皇太极在世，孝庄仅是妃子，并不是皇后。皇太极的皇后是孝端文皇后，是皇太极的原配夫人。
5、孝庄皇后生前就为自己葬地之事早就留下了遗嘱，太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。康熙帝遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。