神舟十二号主要四项任务是，开展核心舱组合体的日常管理、开展两次出舱活动及舱外作业、开展空间科学实验和技术试验、进行航天员自身的健康管理。
1、开展核心舱组合体的日常管理：包括天和核心舱在轨测试、再生生保系统验证、机械臂测试与操作训练，以及物资与废弃物管理等。
2、开展两次出舱活动及舱外作业：包括舱外服在轨转移、组装、测试，开展舱外工具箱的组装、全景摄像机抬升和扩展泵组的安装等工作。
3、开展空间科学实验和技术试验：进行空间应用任务实验设备的组装和测试，按程序开展空间应用、航天医学领域等实（试）验，以及有关科普教育活动。
4、进行航天员自身的健康管理：按计划开展日常的生活照料、身体锻炼，定期监测、维持与评估自身健康状态。