主要区别有：分布不同、生长习性不同、分类不同。
一、分布不同。
1、蛇果：国内蛇果产地多为山东、陕西，原是美国加州出产的一种苹果，与蛇一点关系都没有。
2、苹果：欧洲、中亚西亚、北美、中国新疆。
二、生长习性不同。
1、蛇果：蛇果产美国，也是美国的主栽品种最适栽培区是美国西部华盛顿州维纳奇。那里的年平均气温十点六度，一月份的气温为-3℃，夏季为18.3~21.1℃，年降水量为177.8~254.0毫米，但蛇果的年灌水量为1061~1143毫米，所以要有充足的水源在这种气候下病虫害发生较轻。
2、苹果：有较强的极性，通常生长旺盛，树冠高大，树高可达15米，栽培条件下一般高3～5米左右。树干灰褐色，老皮有不规则的纵裂或片状剥落，小枝光滑。果实为仁果，颜色及大小因品种而异。
三、分类不同。
1、蛇果：蛇果在洋水果中比较常见，有金蛇果、青蛇果和红蛇果三种，与苹果相似，但口感较甜。蛇果含有果糖、葡萄糖、糖、多种维生素、胡萝卜素及多种矿物质。最重要的是，蛇果中果胶和钾的含量居水果类之首。
2、苹果：苹果品种数以百计，分为酒用品种、烹调品种、鲜食品种3大类。3类品种的大小、颜色、香味、光滑度（可能还有脆性、风味）等特点均有差别。